Penunggang Agama ialah filem ketiga terbitan bersama Skop Productions dan Astro Shaw selepas dua filem terdahulu, Abang Long Fadil 2 (2017) dan Misteri Dilaila (2019).[5] Dalam temubual bersama Berita Harian, Syafiq Yusof memberitahu, filem ini berdasarkan kisah benar dan pengalaman beliau sendiri.[7] Idea untuk mengarahkan Penunggang Agama mula diutarakannya selepas filem Munafik arahan abangnya, Syamsul Yusof ditayangkan di pawagam.[7]

Untuk filem ini, beliau menyahut cabaran bapanya, Yusof Haslam untuk membuat sesuatu yang berlainan untuk Skop. Syafiq memilih genre Islamik kerana menyifatkan cabarannya amat berbeza. Menurutnya, beliau perlu membuat lebih banyak rujukan terutamanya penghasilan skrip dan adegan. Beliau bagaimanapun, merahsiakan kos pembikinan filem ini.[7]

"Saya hasilkan filem ini tanpa rancangan menayangkannya di pawagam, cukup hanya menyiarkannya di Astro First. Bajet yang dikeluarkan juga sesuai dengan keperluan dan spesifikasi filem ini [...] Saya zahirkan semua itu dalam bentuk fiksyen. Hakikatnya, isu 'penunggang agama' yang dilihat sensitif ini wujud di Malaysia. Ini termasuk situasi di mana orang mempercayai bomoh tidak bertauliah. Saya pernah bertemu lelaki berperwatakan alim, namun, hakikat sebenarnya adalah bertentangan,".[7]

—Syafiq mengulas mengenai pembikinan filem ini.

Zul Ariffin yang sebelum ini bekerja dengan Syafiq menerusi Misteri Dilaila, memegang watak sebagai Amir, lulusan agama di luar negara yang bekerja sebagai pegawai kesihatan. Beliau mengakui bukan mengelak watak sedemikian, namun belum bersedia. Malah di lokasi penggambaran, beliau digelar Pencetus Ummah (PU) Zul oleh kru dan pelakon.[7]

Ahli kumpulan De Fam, Azira Shafinaz yang terkenal dengan drama lakonannya termasuk Married Tapi Benci dan Mr. Donat Karamel, memegang watak sebagai Anna, isteri kepada Amir lakonan Zul. Untuk mempersiapkan diri, Azira meminta khidmat rakan karib Syafiq untuk membimbingnya membaca ayat suci al-Quran dengan tepat.[7][8] Filem ini ialah filem sulung lakonannya.[9] Ini merupakan projek lakonan pertama Zul dan Azira dalam tempoh 3 tahun sejak Seribu Rindu. Penggambaran dijalankan selama 16 hari di Cameron Highlands, Pahang.[7] Ini juga menandakan kali pertama Syafiq mengarahkan filem untuk tayangan di Astro First.[10]